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详细内容

美国Recursion公司利用AI助力罕见病药物开发

原创 图灵基因

来自专辑 精准医疗先行者


公司概况

在许多情况下,药物的最终治疗效果和设计目的会有所出入。例如,辉瑞制药开发的万艾可,最初以治疗心血管疾病为目的,但却因其完全不同的疗效在市面上广受欢迎。如果制药公司能先行一步升级机器人显微镜技术和图像处理软件,同时通过实验发现潜在新药靶标,这对他们在精确制药上的帮助是毋庸置疑的。Recursion PharmaceuTIcals就是一家运用计算机视觉技术来处理细胞图像,通过分析细胞特征来评估疾病细胞药后反应结果的公司。
Recursion Pharmaceuticals公司成立于2013年11月5日,总部位于美国犹他州盐湖城,是一家临床阶段生物技术公司,运用计算机视觉技术来处理细胞图像,通过分析细胞特征来评估疾病细胞药后反应结果。他们使用先进的成像技术和人工智能技术进行高通量的细胞模型实验,致力于在上百种疾病的细胞模型中进行上千种候选药物的检测,包括遗传病、炎症、免疫学和传染病等疾病,最终找出对应不同疾病的新药。该公司可对细胞进行超乎寻常的细致检查。他们利用软件对一个细胞的上千种特征进行测定,比如细胞核的尺寸、形状或者不同细胞内区域间的距离等。这种精密的细胞研究不仅推动了医疗行业对疾病的认知,探索和诊断,并且加速了制药模式的转变,使患者大为受益。运用细胞的显微图像特征来进行药物筛选的企业并不少见,而Recursion Pharmaceuticals的独特之处是结合机器自动化和人工智能技术,大规模地并行多个实验。现在,Recursion的实验室每周可以进行3万个实验。在不久的将来他们可以每周进行几十万个实验。
研究表明,约10%的美国人受到罕见疾病的困扰,其中大部分病症源于缺少相应的治疗方法。Recursion Pharmaceuticals表示,他们已经找出15种治疗罕见疾病(指在美国患者数少于20万的疾病)的候选药物。这些疾病大多为遗传病,目前将近有七千种罕见病登记在案。

发展历程

2013年11月5日,公司正式成立,总部位于美国犹他州盐湖城。
2015年10月5日,临床项目REC-994拿到FDA孤儿药指定称号。
2016年4月25日,与Sanofi Genzyme签署研究协议。
2017年11月,Recursion Pharmaceuticals宣布与Splunk公司正式合作。Recursion运用Splunk的技术将生物科学和机器学习相结合,从成千上万的细胞培养物图片以及数万亿DNA链中的生成数据进行分析和比对。
2018年7月10日,REC-994被认为是治疗脑海绵状血管畸形的理想药物。
2018年10月24日,对REC-994进行第一阶段研究。
2019年1月4日,识别并许可2型神经纤维瘤病的二期临床药物REC-2282。
2019年5月6日,发布第一个开源数据;在Kaggle上发起RxRX1机器学习竞赛。
2019年12月23日,启动first spin co,CereXis,Inc.,以推进REC-2282。

融资历程

2014年8月15日,获得17万美元天使轮融资。
2015年2月23日,获得83万美元债权融资。
2015年12月4日,获得270万美元债权融资。
2016年10月3日,完成1290万美元A轮融资。投资方Data Collective,AME Cloud Ventures,Lux Capital,EPIC Ventures,ObviousVentures,Wild Basin Investments。
2016年11月22日,完成220万美元A+轮融资。投资方Felicis Ventures,Data Collective,AME CloudVentures,Lux Capital,EPIC Ventures,ObviousVentures。
2017年2月7日,完成400万美元债权融资。投资方Square 1 Bank。
2017年10月4日,完成6000万美元B轮融资。投资方Menlo Ventures,CRV,FelicisVentures,DataCollective,Lux Capital,EPIC Ventures,Advantage Capital,Two Sigma Ventures,ObviousVentures,MubadalaInvestment Company。
2018年6月26日,完成2050万美元债权融资。投资方Square 1 Bank。
2019年7月16日,完成1.21亿美元C轮融资。投资方Scottish MortgageInvestment Trust,Intermountain Ventures,University of Minnesota,Texas TechUniversity System。

团队

ChrisGibson,联合创始人,CEO

2005年,Chris Gibson在美国莱斯大学获得管理研究学的文学学士以及生物工程和生物医学技术的科学学士。2009年,在美国犹他大学开始了生物工程和医学的博士学习,并在2013年获得学位证书。研究期间,Gibson博士主要开展了有关工程和生物学方面的心血管学习。在导师Dean Li博士的协助下,他建立了以提高新生物识别效率的分析系统,为后来Recursion Pharmaceuticals的创业基础打下伏笔。2013年,Gibson博士在斯坦福研究生商学院获得了Ignite证书。斯坦福大学Ignite证书是一个为企业家,商业家及创业领导者提供的学术项目,参与者们可以学习到商业相关的技能,从中获取商业化新企业的经验。此外,Gibson博士也是CureHHT的董事会成员之一。HHT全称为遗传性出血性毛细血管扩张症,是一种导致多个器官血管畸形的遗传性疾病。

RonAlfa,高级副总裁

Ron拥有斯坦福大学的硕士和博士学位(神经科学),以及伦敦大学学院的硕士学位。在他的整个教育过程中,他开发了阿尔茨海默症的分子疗法,发现了代谢激素,并对安慰剂效应的基础感到困惑。

KevinBrown,知识产权副总裁

Kevin的工作始于San Jose的一家精品知识产权公司,为硅谷知名企业起草专利申请,之后他进入公司,扩大对知识产权来源和商业价值的了解。在加入Recursion之前,Kevin在NVIDIA工作,帮助制定专利战略,监督开源许可和谈判合同。Kevin在密歇根州立大学获得计算机科学学士学位,并在伊利诺伊大学香槟分校获得法学学位。

YolandaChong,生物高级副总裁

2011年,Yolanda被强生公司招募到杨森制药公司,将高维成像技术应用到他们的小分子发现管道中。2017年,她转向Recursion,进一步推进小分子疗法的这一方法。在2007年完成多伦多大学植物分子生物学博士学位后,她加入了由Brenda Andrews和Charlie Boone领导的唐纳利细胞和生物分子研究中心的酿酒酵母组学团队。

技术及产品·平台

核心平台是一个连续的、迭代的“生物学和bits”循环,其中湿实验室生物学实验自动执行,结果由云中的机器学习模型生成。一次又一次,而且规模越来越大,系统变得越来越“智能”。
ReChem这些软件工具的设计是为了使化合物的选择和设计能够在机器人实验室进行评估。它们可以应用于整个测试周期,并且基于平台上计算化学、机器学习和先前筛选结果的深度集成。
ReScreen这些工具有助于简化工作流程,规划跨越数十万个微孔的大型复杂实验,并要求应用精确规划的试剂组合。值得注意的是,重新筛选产生了科学和统计实验变量,使定量机器学习分析和自动集成到实验室机器人。
ReScreenRun机器人自动化硬件和软件能够筛选数十万种药物化合物和细胞疾病模型——例如罕见基因疾病、传染病、免疫肿瘤学和炎症模型——在实验之间快速切换,并允许基于最新结果的快速后续实验。
ReRun为在重新筛选过程中测试的每一种生物条件创建数字数学特征,或是表型。表征学习的目的是能够定量计算人类细胞图像的高维表征。最终,指纹之间的关系有助于发现潜在的新药和新的生物关系。
ReAnalyze重新分析工具使用重新运行,旨在使用数据科学计算分析中每个药物化合物的有效性,以及任何意外影响(如潜在的目标外负债)。重新分析有助于药物发现科学家迅速找到最有前途的药物化合物,并生成细节和可视化结果,以推动公正的决策。
RePredict一套机器学习解决方案,利用指纹、化学结构和药理学特性来模拟药物与化合物的关系。这些预测将通过重新分析告知在ReChem中执行的屏幕,帮助完成迭代循环。
·管线

合作

Recursion Pharmaceuticals与同样具有创新精神和前瞻性的公司合作,这些公司希望扩大他们的渠道并提高其影响力。到目前为止,合作过的一些公司包括武田制药(Takeda Pharmaceuticals),以确定在罕见疾病中的潜在候选药物;赛诺菲(Sanofi),以确定临床阶段小分子的新用途。
2017年11月,RecursionPharmaceuticals宣布与Splunk公司正式合作。Recursion运用Splunk的技术将生物科学和机器学习相结合,从成千上万的细胞培养物图片以及数万亿DNA链中的生成数据进行分析和比对。Recursion Pharmaceuticals目标在2025年实现100种分子遗传疾病的治疗。Splunk IT市场高级副总裁Rick Fitz表示,Splunk非常荣幸能够帮助Recursion把机器数据转换成治疗遗传疾病的方法。Splunk在其解决方案中提供机器学习功能,充分挖掘数据的价值,帮助企业解决问题,在某些情况下甚至能挽救生命。
Recursion Pharmaceuticals始终对新的合作伙伴关系持开放态度,在这种合作关系中,从根本上改善人民生活和重新设计药物发现的愿景是一致的。2018年,公司获得了Bill & Melinda Gates基金会的一笔赠款,以加快发现治疗疟疾的潜在药物,同时拓宽公司的平台,解决其他传染病问题。
2019年,公司与犹他大学科技与风险商业化中心合作,成立了生命科技创业孵化器。占地14500平方英尺的设施包括5000平方英尺的湿实验室空间,使其成为总部位于犹他州的生命科学初创公司备受追捧的目的地。Recursion孵化器的目标是:1)在犹他州建立生命科学生态系统和顶尖人才管道;2)通过优先考虑创业公司和多元化的创始团队,支持代表性不足的群体和企业家。 竞品南京燧坤智能科技有限公司,成立于2018年9月4日,依托南京图灵人工智能研究院,致力于运用人工智能方法系统性整合药物大数据,深度赋能药物研发全过程。燧坤智能目前已完成A轮融资。
Healx Limited,成立于2014年1月1日,Healx使用机器学习算法和计算生物学来识别罕见疾病的新型药物应用。它与患者团体和慈善机构合作,帮助确定药物再利用的机会,并帮助把基础研究转化为切实可行的潜在疗法。 Healx目前已完成B轮融资。 ATOM联盟,成立于2017年10月,其任务是通过加速开发更有效的治疗方法来改变药物发现。ATOM的目标是将药物发现从一个缓慢、连续、高失败的过程转变为一个快速、综合、以患者为中心的模型。ATOM正在整合高性能计算、多种生物数据和新兴生物技术,为药物发现创造一个新的竞争平台。
Arterys成立于2007年,是一家提供SaaS服务的创业公司,专注于开发以云平台为基础的医学成像软件,目前Arterys公司已经推出了用于心血管疾病患者核磁成像图像数据分析的软件,它能够帮助医生在非介入条件下定量分析患者心脏血流及心脏功能,改善心脏病患者的临床治疗效果。
参考文献

https://www.tianyancha.com/brand/bcd252599622、https://med.sina.com/article_detail_109_2_68641.html3、http://www.elecfans.com/yiliaodianzi/20180627700687.html4、

https://www.recursionpharma.com/


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